Το κλίμα κατά μήκος της ακτογραμμής του Περού ποικίλλει από ημίξηρο στο βορρά και κοντά στον ισημερινό, ως ψυχρό ξηρό στο νότο. Αν και η χώρα είναι κοντά στον ισημερινό, όλη η παρωκεάνια περιοχή παρουσιάζει θερμοκρασιακές διακυμάνσεις λόγω των επιφανειακών θερμοκρασιών της θάλασσας. Η πιο θερμή περίοδος (καλοκαίρι) εντοπίζεται μεταξύ Ιανουαρίου και Μαρτίου, ενώ η ψυχρή (χειμώνας) μεταξύ Ιουλίου και Σεπτεμβρίου. Η ημερήσια θερμοκρασία αυξάνεται προς την ενδοχώρα. Το κλίμα των ακτών καθορίζεται κύρια από την επίδραση του ψυχρού ρεύματος Χούμπολτ, που κινείται παράλληλα με την ακτογραμμή και δεν επιτρέπει τη βροχόπτωση από τον ωκεανό. Αν το ρεύμα ήταν θερμό, η παρουσία των Άνδεων θα προκαλούσε ορογραφικές βροχοπτώσεις, όπως καταγράφονται στα βόρεια και νότια τμήματα των παράκτιων οροσειρών.

Οι βόρειες ακτές του Περού, με γεωγραφικό πλάτος μεταξύ 3° και 6°Ν, έχουν διακυμάνσεις της θερμοκρασίας μεταξύ 14 °C και 38 °C. Τα καλοκαίρια χαρακτηρίζονται από θερμές, υγρές και ηλιόλουστες ημέρες, με περιστασιακές μπόρες το απόγευμα ή το βράδυ. Βορειότερα το τοπίο είναι λιγότερο ξηρό, καθώς το ρεύμα Χούμπολτ θερμαίνεται όσο πλησιάζει τον ισημερινό. Η περιοχή του Τούμπες στα σύνορα με το κράτος του Ισημερινού είναι η μόνη που παρουσιάζει κανονική εποχική διακύμανση των βροχοπτώσεων. Το συνολικό ύψος βροχής το καλοκαίρι σπάνια ξεπερνάει τα 200 χιλιοστά, με εξαίρεση τα ακραία καιρικά φαινόμενα του Ελ Νίνιο, που μπορεί να προκαλέσουν έντονες πλημμύρες με ύψη βροχής μέχρι και 4000 χιλιοστά, ειδικότερα στο πλέον βόρειο τμήμα των ακτών. Οι θερμοκρασίες κυμαίνονται μεταξύ 20–23 °C τη νύχτα και 28–38 °C την ημέρα, ενώ είναι οι μέγιστες καταγεγραμμένες σε όλη την ακτή του Περού. Οι περιοχές Τούμπες και Πιούρα είναι και οι πιο θερμές της χώρας. Ο χειμώνας χαρακτηρίζεται από θερμές αλλά άνετες συνθήκες και παντελή απουσία βροχής.

Οι κεντρικές και νότιες παράκτιες περιοχές, με γεωγραφικά πλάτη νότια των 6°, έχουν θερμοκρασιακές διακυμάνσεις από 8 ως 35 °C, ενώ η βροχόπτωση είναι περιστασιακή με ετήσια ύψη μέχρι 150 χιλιοστά ως και καθόλου. Το καλοκαίρι χαρακτηρίζεται από θερμές, υγρές και ηλιόλουστες ημέρες, με ελάχιστες θερμοκρασίες από 18 ως 22 °C και μέγιστες από 24 ως 30 °C. Υψηλότερες θερμοκρασίες παρατηρούνται σπανιότερα από 10 ημέρες το χρόνο, με εξαίρεση την έρημο Ίκα, όπου τα καλοκαιρινά μέγιστα μπορούν να φτάσουν μέχρι και 35 °C. Ελάχιστη ή μηδενική βροχόπτωση παρατηρείται το χειμώνα. Οι περισσότερες βροχές είναι υπολείμματα των ορογραφικών βροχοπτώσεων και καταγράφονται τις νυχτερινές ώρες. Το ύψος της καλοκαιρινής βροχόπτωσης είναι γενικά μικρότερο από 10 χιλιοστά. Ο χειμώνας χαρακτηρίζεται από νεφοσκεπείς, ψυχρές και υγρές ημέρες, με χαμηλές θερμοκρασίες. Η ακτή και η κοντινή ενδοχώρα καλύπτονται συνήθως από ένα μόνιμο στρώμα ομίχλης, το οποίο περιγράφεται με την ονομασία γκαρούα, μία χαρακτηριστική τοπική μορφή αχλύος του Περού και της βόρειας Χιλής. Σε αυτές τις ωκεάνιες περιοχές, η εποχή των βροχών είναι μεταξύ Μαΐου και Οκτωβρίου. Ο υετός κυρίως εμφανίζεται ως νυχτερινό και πρωινό ψιλόβροχο με εποχικά ύψη μεταξύ 10 και 150 χιλιοστών. Η χειμερινή βροχόπτωση ευνοεί την ανάπτυξη έντονης βλάστησης στις παράκτιες λοφοσειρές, γνωστή με την ονομασία Λόμας. Αντίστοιχα, η περίοδος παρουσίας βλάστησης σε ερημικές περιοχές εντοπίζεται μεταξύ Ιουλίου και αρχών Νοεμβρίου. Οι θερμοκρασίες κυμαίνονται μεταξύ 14–18 °C τη νύχτα και 22–29 °C την ημέρα, ενώ οι χειμερινές ελάχιστες μεταξύ 15 και 23 °C και οι μέγιστες μεταξύ 8 και 15 °C. Αρκετές εβδομάδες πλήρους νεφοκάλυψης και μέγιστων χαμηλότερων από 19 °C είναι συχνό φαινόμενο μεταξύ Ιουλίου και Σεπτεμβρίου.

Το κλίμα των Περουβιανών Άνδεων παρουσιάζει τη μεγαλύτερη ποικιλομορφία σε όλη τη χώρα. Η θερμοκρασία μειώνεται με το ύψος, ενώ κυμαίνεται από εύκρατη (με μέση ετήσια τιμή 18 °C σε χαμηλές κοιλάδες) ως και πολική (με μέση ετήσια κάτω από 0 °C στις κορυφές). Η μέγιστη θερμοκρασία παραμένει συνήθως σταθερή όλο το έτος, ενώ η χαμηλή κυμαίνεται λόγω της παρουσίας νεφών κατά την περίοδο των βροχών, που συγκρατούν τη θερμότητα της ημέρας στο έδαφος. Με την απουσία νεφών, οι νύχτες είναι ιδιαίτερα ψυχρές. Το ύψος της βροχόπτωσης κυμαίνεται τόσο ποσοτικά όσο και εποχικά. Η περίοδος των βροχών ξεκινάει τον Σεπτέμβριο και κορυφώνεται τον Ιανουάριο και τον Μάρτιο, ενώ μεταξύ Μαΐου και Αυγούστου παρατηρείται μία έντονα ξηρή περίοδος με χαμηλές θερμοκρασίες. Έχει καταγραφεί μία χαρακτηριστική μεταβολή του ύψους της βροχής κατά τον νοτιοδυτικό-βορειοανατολικό άξονα με τις πιο ξηρές συνθήκες (200-500 χιλιοστά το έτος) κατά μήκος των νοτιοδυτικών Άνδεων, και τις πιο υγρές κατά μήκος των ανατολικών πλαγιών (>1000 χιλιοστά το χρόνο). Η αλληλεπίδραση μεταξύ της τοπογραφίας και της γενικής κυκλοφορίας δίνει ετήσια ύψη βροχής ως και 10000 χιλιοστά σε ορισμένες περιοχές στα ανατολικά όρια των Άνδεων. Ο υετός είναι επίσης έντονος στις οροσειρές και σε ορογενείς κοιλάδες, με τη μορφή θερμικών απογευματινών καταιγίδων. Οι λίμνες επίσης επηρεάζουν την κατανομή της βροχής. Για παράδειγμα, η λίμνη Τιτικάκα προκαλεί νυχτερινά ανοδικά ρεύματα, τα οποία δημιουργούν έντονες βροχές πάνω από τη λίμνη, σχεδόν διπλάσιου ύψους απ’ ότι στις παραλίμνιες περιοχές. Περιστασιακές καταιγίδες συνοδεύονται από συχνούς κεραυνούς, δυνατούς ανέμους και καταστροφικές χαλαζοπτώσεις, ειδικότερα κατά την εποχή των βροχών και σε μεγάλα υψόμετρα. Οι χιονοπτώσεις είναι συχνές σε ύψη πάνω από 5000 μ. αυτή την εποχή, και περιστασιακές σε ύψη μεγαλύτερα από 3800 μ. μεταξύ Μαΐου και Αυγούστου.

Τα ανατολικά βαθύπεδα χαρακτηρίζονται από ισημερινό τροπικό κλίμα, το οποίο και τρέφει το χαρακτηριστικό τροπικό δάσος βροχής του Αμαζονίου. Το κλίμα αυτής της περιοχής είναι θερμό και υγρό σε όλη τη διάρκεια του χρόνου. Οι θερμοκρασίες κυμαίνονται μεταξύ 18–36 °C, ενώ το ύψος της βροχής μεταξύ 1000 και 4000 χιλιοστών ανά έτος. Νότια από το γεωγραφικό πλάτος των 8°Ν, παρατηρείται μία βραχεία ξηρή εποχή μεταξύ Ιουνίου και Αυγούστου. Περιστασιακές ψυχρές εισβολές με προέλευση την Αργεντινή καταγράφουν πτώσεις στη θερμοκρασία μέχρι και τους 10–15 °C, αλλά με συχνότητα από μία ως 5 φορές το χρόνο μεταξύ Μαΐου και Σεπτεμβρίου.